En largo (compra), el stop loss va por debajo del precio de entrada y el take profit por encima. En corto (venta) es al revés. La calculadora aplica el % que definas sobre el precio de entrada en la dirección correcta según el lado que elijas.
Si prefieres pensar en términos de ratio riesgo/beneficio en vez de un % de take profit fijo, el modo "TP por ratio" calcula automáticamente el take profit necesario para conseguir, por ejemplo, un 2:1 dado tu stop loss.